忍ばない！クリプトニンジャ咲耶

かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。
生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる＜クリプト絵巻＞を持つことで、互いの均衡を保っていた。

時は流れ、現代
舞台は普通の街＜甲賀シティ＞

人々は忍者の存在を忘れていた。
甲賀忍者の＜咲耶＞は、忍者なのにとにかく目立ちたい！
友達の＜ネム＞、＜シャオラン＞と共に、＜忍ばない毎日＞を過ごしていた。
ある日、風魔のクリプト絵巻が何者かに奪われ、4つのクランによる戦乱が再び勃発。
咲耶、ネム、シャオランも戦いに巻き込まれてしまう。

時代をゆるく生きてきた3人は、戦乱の世を生き抜くことができるのか――。