メロンパンナが図書館から借りてきた絵本は、彼女のお気に入りのシンデレラ。でも、その絵本の世界は、魔物が暴れまわる荒れ果てたものだった。その夜、絵本から飛び出したフクロウのホッピーに導かれ、アンパンマンはおとぎの国を救いに向かった。だが、彼らのあとを追ってばいきんまんたちもおとぎの国へ...。
いつものようにアンパンマンにやっつけられたばいきんまんは「バイバイキ~ン」と空を飛び、森の中でズタボロになっていました。そんなばいきんまんの目の前に突然巨大なUFOが現われます。中から現われたのはなんとばいきんまんとそっくりのアカキンマンとアオキンマン。二人はアンパンマンにやられてばかりいるばいきんまんの手助けをするために遠いばいきん星からはるばるやってきたのでした。ばいきんトリオを組んだ三人アンパンマンにさっそく攻撃をしかけます。逃げても逃げても追いかけてくるばいきんトリオ。さすがのアンパンマンもばいきんトリオの3ばいパンチをあびて、遠くとばされてしまいます。長年の夢がかなったばいきんまんはのたうちまわって大喜び!調子に乗ったばいきんトリオはしょくぱんまんとカレーパンマン、そしてパン工場までも片づけてしまおうとたくらむのですが…。