コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高い双子(ツインタワー)のビルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた・・・。そして、ビル内で第一の殺人事件が起こった!その近くで、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A―。≪黒の組織≫がここに!? さらに灰原哀が密かに何者かとコンタクトを取り始め・・・。
現代からほんの少し先の未来で...。
過去を失った主人公・夕叢霧香(ゆうむらきりか)と、ヨーロッパの暗黒街を舞台に「裏の仕事」に生きる仕事人・ミレイユ・ブーケ。
とある事件がきっかけで二人はコンビを組み、裏社会の仕事人として仕事を始めることになる。
ユニットの名は「ノワ-ル」。
実は、その名前には彼女たちの思いもつかない深い意味が隠されていた。
天性の戦士としての才能を持った霧香と、コルシカマフィアの血をひく孤独なプロフェッショナル・ミレイユ。
ヨーロッパで、中東で、アジアでさまざまな「ミッション」をこなすうち、お互いにぎくしゃくしていた霧香とミレイユは、互いに相手を相棒と認めるようになる。しかし、そんな二人に忍び寄る謎の組織「ソルダ」の影...。
ソルダの正体・目的は? そして「ノワ-ル」の名が持つ真の意味とは?
共通の敵と死闘を繰り広げるうち、霧香とミレイユの間には真のパートナーとしての絆が芽生えていく。しかし、そんな二人を襲う衝撃の事実...。
失った過去を取り戻す霧香の戦いが、家族の復讐を誓うミレイユの戦いが、今、始まる...。